本作的舞臺(tái)是私立學(xué)院學(xué)員高等部，主人公是對(duì)謎題十分著迷并自信逢謎必破的高一學(xué)生大門(mén)。有一天，他受到學(xué)生會(huì)長(zhǎng)邀請(qǐng)，同青梅竹馬少女野葉一起前往學(xué)校附近的遺跡解“不能解開(kāi)之謎”，原來(lái)這是一個(gè)由神秘智能集團(tuán)制造出的能危機(jī)人類(lèi)生命的“賢者之謎”。可是熱愛(ài)解謎的大門(mén)硬要作出挑戰(zhàn)，在得到某件“物件”之后，大門(mén)即被點(diǎn)名成為所謂的“解答者”。從此，他就與野葉和其他充滿個(gè)性的解答者一起挑戰(zhàn)潛藏于世界各地的“賢者之謎”。